Les coronavirus dans le monde animal : une grande diversité avec une clinique variée

Les coronavirus → Bien connu des éleveurs lors d’épisodes de diarrhée néo-natale ou de pathologie respiratoire, le nom de coronavirus vient de faire une entrée fracassante auprès du grand public. La diversité des souches explique les différentes formes cliniques.

Les coronavirus appartiennent à l’immense famille des Coronaviridae. Cet article vous apporte quelques informations sur cette famille avec un focus sur les coronavirus chez les bovins connus depuis plus de 40 ans et le nouveau coronavirus humain, le covid-19. Rappelons ce qu’indique l’ANSES dans son avis du 09/03/2020 : « aucun virus appartenant au sous-groupe du SARS-CoV-2 n’a été détecté chez les animaux domestiques (animaux de rente et de compagnie) et il n’existe pas de lien génétique direct entre le SARS-CoV-2 et les souches de Betacoronavirus isolées chez les animaux domestiques ». [Même si cela est marginal, notez qu’un élément est apparu depuis la parution de cet avis, c’est la possible contamination des animaux de compagnie : un chat infecté en Belgique ayant présenté des signes cliniques et deux chiens contaminés à Hong-Kong sans clinique].

C’est quoi un virus ?

Les virus sont des entités présentes en très grande quantité sur terre (chiffre estimé à 10³¹ !), que l’on ne peut voir qu’au microscope électronique et dont le statut « d’être vivant » fait encore débat. Ils s’attaquent à toutes les espèces, mammifères (rage, fièvre aphteuse, variole…), plantes (mosaïque du tabac, virus de la tomate…) mais également bactéries. Ce sont des agents infectieux dont la spécificité est l’incapacité à se reproduire seuls ; ils utilisent les cellules de leur hôte pour assurer leur multiplication, entrainant la destruction de la cellule responsable des lésions observées. On les retrouve sous deux formes, inerte lorsqu’ils sont en dehors d’une cellule et active lorsqu’ils se multiplient dans les cellules. Certains virus ont un patrimoine génétique complet (ADN) mais d’autres n’ont qu’un des deux brins (ARN).

Le diagnostic des infections virales

La reproduction intracellulaire stricte des virus complique leur diagnostic et si la mise en culture sur des cellules reste possible, cela reste une technologie difficile à mettre en œuvre. L’analyse la plus utilisée aujourd’hui est la PCR (Polymerase Chain Reaction) qui permet la mise en évidence de l’ADN ou de l’ARN. C’est une technique fiable, relativement rapide et avec un coût maitrisé. Il convient cependant de toujours confronter ce résultat à la clinique, la seule présence du virus n’indiquant pas obligatoirement qu’il est responsable de la pathologie observée.

L’autre technique de diagnostic est la sérologie, avec mise en évidence des anticorps fabriqués par l’organisme en réaction à l’infection. Cela implique d’identifier les anticorps à rechercher et un certain délai est nécessaire avant qu’ils n’apparaissent. Là encore, un résultat positif est à interpréter car il peut s’agir d’anticorps produits lors d’une pathologie antérieure.

Les coronavirus, une immense famille de virus

Les coronavirus forment une immense famille de virus qui infectent toutes les espèces de mammifères. Ils appartiennent à la famille des Coronaviridae et sont classés en quatre groupes et de nombreux sous-groupes. Ce sont des virus à ARN possédant un génome extrêmement long (plusieurs milliers de nucléotides). Ils sont spécifiques de l’espèce qu’ils infectent, mais comme tous les virus à ARN, ils sont plus sensibles aux mutations génétiques avec les conséquences induites : passage sur d’autres espèces, pouvoir pathogène qui peut évoluer, mise au point d’un vaccin qui peut être difficile. Le coronavirus est un virus enveloppé donc fragile, sensible à la chaleur (plus de 60°C), aux détergents et aux solvants.

Le coronavirus chez les bovins, une atteinte digestive…

Découvert en 1972, le coronavirus bovin (BCoV) appartient au groupe des betacoronavirus. Toutes les souches sont actuellement regroupées dans le même sérotype. Il est responsable principalement de gastro-entérites souvent sévères chez le veau non-immunisé, à partir de 4-6 jours de vie. La transmission est oro-fécale et respiratoire avec une incubation de 24h00 en moyenne. Le virus s’attaque aux cellules de l’intestin grêle et du côlon, provoquant leur destruction et responsable d’une diarrhée avec fuite hydrique et baisse de la capacité d’assimilation. Il n’existe pas de médicament spécifique, le traitement fera appel à la réhydratation et aux pansements digestifs. Des vaccins contre ce virus existent depuis plus de 40 ans, la protection du veau se faisant par la prise de colostrum d’une vache immunisée. Plus de 70 % des bovins adultes sont porteurs sains du virus en faible quantité, ce qui entretient leur immunité. En cas de charge virale élevée ou de baisse des défenses immunitaires, de la dysenterie d’hiver sur les vaches peut cependant être observée.

… et respiratoire

Dans les années 80, l’impact respiratoire du virus sur les jeunes animaux a été mis en évidence. Le tropisme digestif ou respiratoire du virus dépend d’une mutation de la protéine de la spicule (S) de l’enveloppe, qui va conditionner la zone d’attachement du virus dans l’organisme. Cliniquement, les animaux vont présenter de la toux et du jetage, mais des complications de pneumonie peuvent survenir. Le diagnostic du coronavirus respiratoire se fait sur écouvillon nasal, voire prélèvement de poumon en cas de mort de l’animal. Dans le cadre du kit respiratoire GDS Creuse, le virus est mis en évidence sur 35 % des prélèvements PCR effectués en élevage, le plus souvent associé à d’autres agents pathogènes, mais dans les ateliers d’engraissement, plus de 80 % des taurillons sont porteurs du virus. Si l’excrétion digestive peut être longue, l’excrétion nasale est de courte durée, ce qui limite la période de contagiosité.